同一级生物安全柜一样，气体也是从外部流入
ESCO二级生物安全柜，通常称为进流。进流能防止微生物操作时产生的气溶胶从安全柜前面操作窗口逃逸到实验室内。然而，它们不同于一级生物安全柜之处为只让经HEPA过滤的(无菌的)空气流过工作台面。内置风机将空气经前面的开口引入安全柜内并进入前面的进风格栅。因此没有经过过滤器过滤的空气不会直接进入工作区，从而保护安全柜内部存放的样品和仪器不被外界空气所污染。
二级生物安全柜的一个*亮点就是由垂直层状薄片的(无定向的)HEPA过滤器过滤后，再安全柜内部形成向下流动的气流。气流不断地冲能可产生空气传播感染的安全柜内部，从而避面存放在柜体内的样品受到感染。这样的气流被称作下沉气流。
二级生物安全柜可有效减少由于气溶胶暴露所造成的实验室感染以及培养物交叉污染。箱体选用304不锈钢或冷轧钢板，易清洁；垂直层流负压机型，回流空气30%/100%过滤排放；负压设计，保证操作人员安全；一体化滑动安全移门定位，易于操作；配备过滤器阻塞报警，送风机过载报警，工作窗开启限位报警系统。
在使用生物安全柜时必须穿个人防护服，戴手套，根据需要带防护眼罩或者面罩。开机5分钟内不可操作，安全柜要有个自净的过程；操作时尽量缓缓移动手臂，安全柜的摆放位置尽量远离走道，避免气流波动；操作样品时分洁净区、操作区、污染区分开摆放物品；柜内尽量避免震动仪器（如离心机、振荡器等）的使用，因为震动会使得积留在滤膜上的颗粒物质抖落，导致操作室内部洁净度降低，同时如果在前操作面平衡失败还会引起安全柜对操作者的污染。
实验操作中不可*打开ESCO二级生物安全柜的玻璃视窗，应保证操作人员的脸部在工作窗口之上。在柜内操作时动作应轻柔、舒缓，防止影响柜内气流。检验完成后，关闭玻璃视窗，保持风机继续运转10min，同时打开紫外灯，照射30min。
