ESCO二级生物安全柜的污染控制性能是安全柜确保所有的危险颗粒不从操作窗口逃逸出去的能力。安全柜的防护作用基本取决于气流方式，包括适合的气流方向和速度。世界上理想的污染控制性能测试是EN中所使用的KI-discus测试。需注意生物安全柜也许可以通过所有的气流测试，但不一定能通过污染控制性能测试。ESCO具有KI-discus测试能力，其拥有完整的测试设施，所有型号的生物安全柜都通过污染控制性能的检测。
近年出现多起生物实验室感染事故的发生，使相关部门、广大科研工作者和实验室工作人员对生物危害有了较为深刻的认识。加强生物安全柜正确使用，防止实验人员受到感染至关重要。
ESCO二级生物安全柜使用时柜内不放与本次实验无关的物品，操作前应将实验所需的全部物品移入安全柜，避免操作中双臂频繁穿过气幕破坏气流。并且在移入前用70%酒精擦拭表面消毒，消毒工作台面。柜内物品摆放应做到清洁区、半污染区与污染区分开，在柜内摆放的物品应该尽量呈横向一字摆开，操作中物品取用方便，避免回风过程中造成交叉污染。物品应尽量靠后放置，但不得挡住气道口，以免干扰气流正常流动。
ESCO二级生物安全柜要做好定期的清洁消毒，柜内台面污染物可在工作完成且紫外灯消毒后用2%的84消毒液擦拭。也可用70%酒精并对工作台面、后壁、侧壁，观察窗的内侧进行消毒。柜体外表面则应每天用1%的84消毒液擦拭。甲醛蒸汽熏蒸是清除污染常用的方法。
